Navigacijos mokykla atidaryta 1829 m. sausio 15 d. Turgaus gatvėje. Vadovavo laivo kapitonas Davidas Kūnas. Mokykla pirmiausia įsikūrė Konsentijaus namo fligelyje, o vėliau - įvairiose vietose, kol 1858 m. pastatytas pastatas, kurį surentė mūrininkas Vosingas.
1832 m. mokykloje buvo 25 auklėtiniai, 1836 m. - 28, 1837 m. - 45, 1840 m. - 69, iš jų - 15 šturmanų ir 54 jūreiviai. Laivybai reikėjo daug kapitonų ir šturmanų. Vėlesniais metais mokyklą baigdavo apie trisdešimt auklėtinių. Egzaminuodavo jūrų kapitono ir šturmano kvalifikacijai gauti. Vyriausybės potvarkiu 1843 m. atskirta Parengiamoji navigacijos mokykla, kitaip dar vadinta Pradine jūreivystės mokykla, kuriai vadovavo balasto inspektorius Miuleris. Joje mokėsi beveik visi jaunuoliai iš Vitės priemiesčio.
XIX amžiuje Klaipėda niekuo nesiskyrė nuo Prūsijos karalystės Baltijos pakrantės miestų Altonos, Flensburgo, Apenradės, Liubeko, Vustrovo, Rostoko, Bartkės, Štralzundo, Grabovo-Štetino, Dancigo, Piluvos, kur taip pat veikė navigacijos mokyklos.
Jūrinių mokslų smukimas Klaipėdoje prasidėjo XIX amžiaus pabaigoje, kai burlaivius keitė garlaiviai. 1900 metai Klaipėdai išskirtiniai tuo, kad buvo parduotas paskutinysis joje buvęs barkas. Tačiau XIX a. pabaiga – ir naujų atradimų laikas. 1898 m. Navigacijos mokykla buvo uždaryta. 1896 metais Klaipėdoje įsteigta ir pirmoji karališkoji garlaivių mašinistų mokykla. Iš esmės tai laikoma laivų mechanikų mokslų gimimo data. Ši mokykla Klaipėdoje veikė net iki 1926 metų ir tarsi sujungė prūsiškąjį ir lietuviškąjį jūrinio mokslo laikotarpius
Ar daug šiandien žinome apie lietuviškąją jūrininkų rengimo mokyklą? Iki karo jos iš esmės ir nebuvo. 1923 metais Kauno aukštesniosios technikos mokykloje buvo įkurtas Jūrų skyrius, kuris priėmė 23 mokinius. Įgiję teorinių žinių jie praktikos sėmėsi Gustavo Eriksono prekiniuose mokomuosiuose burlaiviuose „Olivebank“ ir „Archibald Russell“. Apie tas praktikas išlikę dvejopų vertinimų. Jaunieji Lietuvos jūrininkai skundėsi, kad tuose laivuose jie buvo verčiami sunkiai dirbti – krauti laivus ir nebuvo mokomi jūrinių dalykų.
Tuometis Lietuvos diplomatas Jurgis Savickis Susisiekimo ministerijai yra pranešęs, jog rašė du laiškus kapitonui G.Eriksonui ir reikalavo, kad palengvintų studentams darbą ir mokytų jūrinės teorijos. Kapitonas G.Eriksonas atsakęs, kad yra nurodęs burlaivių kapitonams dėstyti teoriją, pasižadėjo asmeniškai prižiūrėti, kad lietuviai būtų mokomi ir švedų kalbos.
Ir v
ėlesniais laikais Lietuvoje stokojant jūrinio rengimo mokymų, lietuviai navigacijos paslapčių buvo siunčiamo mokytis į kitas šalis. 1930–1940 metais 35 lietuviai mokėsi Latvijos, 17 Italijos, 10 Prancūzijos, taip pat dalis Olandijos, Belgijos, Vokietijos, Švedijos jūreivystės mokyklose.Susidomėjimas jūriniais mokslais buvo didelis. Visais prieškario laikais į vieną siunčiamo mokytis jūrininko vietą pretendavo ne mažiau kaip 10 jaunuolių.