Jūreiviai ir kranto darbininkai gamtos jėgoms nebuvo linkę pasyviai pasiduoti: sausumoje jie įrengė įplaukos kryptį nurodančius bokštus, abipus įplaukos vagų statė plūdurus ir gaires, molus, švyturius.
XVIII a. pab.- XIX a. pr. vykdyta pietinio molo statyba, tačiau esminiai uosto tvarkymo darbai prasidėjo 1834 m., Prūsijos valdžiai išnuomojus Klaipėdos pirklių sąjungai sąsiaurį ir jūros pakrantę nuo Klaipėdos iki Olandų kepurės su sąlyga, kad bus sustiprinta pakrantė ir sutvarkyti molai.
1733 m. Kuršių nerijos šiauriniame gale pastatoma pirmoji 130 m užtvara (molas). Ja norėta protaką į jūrą apginti nuo besistumiančio į šiaurę nerijos smėlio. Netrukus audros “molą” sugriovė.
1834 m. pirklių bendruomenė pradėjo šiaurinio molo statybą. Statyta vyko su pertraukomis. Pirmas etapas baigėsi 1858 m. Šiaurinis molas įrengtas iš dviejų dalių - pirmąją sudarė akmenimis sutvirtinta 940 metrų ilgio krantinė, antrąją - 460 metrų į jūrą išsikišęs 2,5 metro pločio ir 2 metrų aukščio (virš vandens) molas. Tarkant uostą, 1884 m. galutinai baigta šiaurinio molo statyba, jis vėl pailginamas, kol jo ilgis pasiekė 2150 metrų. 1884 m. gruodžio 16 d. molo gale uždegta raudonos spalvos šviesa Mažajame, arba kitaip vadinamu Baltasis švyturys. Pietinio molo gale kurį laiką irgi buvo šviesos signalas. 1927m. jo vietoje pastatytas 7,35 m. aukščio švyturys, t.y. 10 m. nuo jūros lygio. Jis švietė žalia šviesa. Dar galima pridėti, kad tiek ant šiaurinio, tiek ant pietinio molų buvo siauruko geležinkelio bėgiai, skirti aptarnauti švyturius (vežti anglį į juos) bei remonto ir priežiūros darbams.
1847 m. - pietinio molo statybos pradžia, 1861 m. - pabaiga. Vėliau, 1901-1902 m., pietinis molas pailgintas dar 445 m, kad jo galas pasibaigtų maždaug tame pačiame pjūvyje, kur baigėsi ir šiaurinis molas. Visas pietinio molo ilgis 1902 m. pasiekė 945 metrus.Kartu su molų statyba gilintas uosto farvateris - 1859 m. iki 6 metrų, vėliau - 6,5-7,0 m.
1930 m. lietuviai sudarė labai išsamius Žvejų uosto, šiaurinio ir pietinio molo planus (M 1:300) su atliktų darbų pažymėjimais. Bendras abiejų molų spalvotų planų (brėžinių) ilgis siekia net 6,95 metro.
1931 m. sausio 6 d. Klaipėdos uosto direkcija pranešė, kad šiauriniame mole, 150 m į pietryčius nuo jo galvos, pradėjo veikti nautofonas, ūkanotu oru skleidžiantis laivams perspėjamuosius garso signalus: ilgas 3 sekundžių garsas, po jo 0,5 sekundės tyla, vėl ilgas 3 sekundžių garsas, po jo 22 sekundžių tyla (vadinasi, kas 30 sekundžių buvo skleidžiamas ilgas, trumpas ir vėl ilgas garsas).
Antrasis Pasaulinis karas buvo negailestingas Baltijos švyturiams. 1945 m. sausį atsitraukiantys naciai susprogdino Klaipėdos švyturį. Neliko ir Baltojo, šiaurinio molo švyturio.
Klaipėdos uostas turi du lygiagrečius molus, abu virš 1 km ilgio. Jie pastatyti ant polių. Viršvandeninė dalis išmūryta iš akmenų. Pagilinus uostą, molai sustiprinti akmenimis ir dideliais betono blokais. Kitaip molų farvateris vadinamas Jūros vartai.