Memel (Klaipėda) įkurta XIII a. piečiausioje kuršių genties žemėje – Pilsote. Miesto pradžia laikomi 1252 m., kai rugpjūčio 1 d. Kuršo vyskupas Henrikas sudarė sutartį su Vokiečių ordino vietininku Livonijoje Eberhardu fon Zeine. Sutartyje numatyta Memelio (arba Nemuno) ir Dangės upių santakoje statyti pilį ir prie jos per dvejus metus įkurti miestą.
Du trečdaliai pilies ir miesto turėjo priklausyti Ordinui, o likęs trečdalis – Kuršo vyskupui. Pilies ir miesto kūrimas šioje vietoje buvo susijęs su Ordino siekiu pradėti Žemaitijos bei Sembos užkariavimą ir užbėgti už akių sembų ir žemaičių galimybei keistis tarpusavio pagalba per Kuršių neriją. Kuršo vyskupui reikėjo atsparos punkto, kuriame jis galėtų įkurti Kuršo vyskupijos metropoliją. Manoma, kad Klaipėdos, kaip ir Karaliaučiaus, įkūrime netiesiogiai galėjo dalyvauti ir Liubeko miestas. Apie tai liudija ir Liubeko tarybos spaudimas, po kurio miesto steigėjai 1257–1258 m. suteikė Klaipėdai Liubeko teises. Dabartinėje Lietuvos teritorijoje Klaipėda yra pirmasis miestas, gavęs savivaldos teises.
Memelio pilis, XVII a. Hartknocho graviūraPirmoji medinė Memelburgo (Memelburg) pilis buvo pastatyta jau 1252 m. rudenį. Po to, kai ji atlaikė bendrą sembų ir žemaičių puolimą, 1253 m. vasarą gretimoje vietoje buvo pradėta statyti mūrinė pilis. Mindaugo surašyti Žemaitijos žemių dovanojimo Ordinui aktai leido tikėtis, kad Klaipėda taps svarbiu regiono centru. Neatsitiktinai čia planuota kurti Kuršo vyskupijos centrą, pinigų kalyklą Kuršui, buvo numatoma statyti bent kelias bažnyčias. Tačiau faktiškai Kuršo regiono centru Klaipėda niekad netapo: viena vertus, po Durbės mūšio Ordinui prireikė daug laiko susitvarkyti su baltų genčių sukilimų padariniais, antra vertus, prasidėjus nuolatinei karinei įtampai tarp Ordino ir LDK, Klaipėda buvo nuolat puldinėjama žemaičių arba visos LDK pajėgomis. Ypač intensyvūs puldinėjimai vyko XIV a. antroje pusėje (šaltiniuose fiksuojami Klaipėdos puolimai: 1253, 1254, 1257, 1307, 1323, 1360, 1379, 1393, 1402, 1409, 1418 m.). Aprašęs tokį antpuolį 1323 m. Petras Dusburgietis pažymėjo, kad užpuolikai „pavertė pelenais patį miestą ir tris gretimas naujakrikštų pilis, daug kogų bei kitokių laivų“.
Memelis, garsi ir stipri tvirtovė ir miestas prie jos, čia pat j Baltijos jūrą įsilieja Kuršių marios ir Dangės upė, ir dėl to yra puiki įplauka laivams. Iš pradžių priklausė Kuršui, 1250 metais antrąjį aukštą pastatė Livonijos krašto magistras brolis Eberhardas, o trečiąjį 1380 metais pastatė ir pavertė tikra tvirtove Konradas fon Valenrodas, vėliau tapęs Didžiuoju magistru; ją dažnai puldinėjo sembai ir žemaičiai. 1323 metais žemaičiai sudegino Meme¬lio miestą ir tris priešpilius-slėptuves, 1328 metais Livonijos ordino broliai tą pilį perleido Vokiečių ordinui: nuo to laiko ji dar priklauso Prūsijai; po to dažnai stipriai nukentėdavo nuo gaisrų. Antai miestas degė 1379 metais, taip pat 1389 metais ir 1410 metais, visa tai atsitikdavo per žemaičius. 1459 metais žemaičiai sudegino Memelio pilį. 1464 metais ją puolė dancigiečiai, bet veltui, tačiau jie atėmė 11 laivų. 1520 metais dancigiečiai sudegino pusę miesto ir atėmė du laivus. 1679 metais, kai miestą užėmė švedai, sudegė sandėliai, priemiestis, Vite ir dar du trečdaliai miesto. Po to miestas buvo sustiprintas.
Kariaudamas su LDK, Vokiečių ordinas Prūsijoje siekė kontroliuoti Klaipėdos pilį tiesiogiai, todėl 1328 m. jis perėmė anksčiau Livonijos ordinui priklausiusias Klaipėdos apylinkes. 1392 m. Ordinas privertė atiduoti savo žemių trečdalį ir Kuršo vyskupą, tuo būdu tapdamas vieninteliu žemių aplink Klaipėdą savininku. Iki XV a. antrosios pusės Klaipėda buvo vystoma tik kaip strateginė vieta, nuolat tobulinant pilies gynybinius pajėgumus. Gyventojų skaičius mieste iki XVI amžiaus buvo labai menkas, prekyba beveik nesivystė, todėl Klaipėda, nors ir turėjo palankias išeities pozicijas (pvz., Liubeko miesto teises), netapo Hanzos sąjungos nare.
