Senasis Klaipėdos pavadinimas Memel yra hidroniminės kilmės. Manoma, kad vietinės baltų gentys (skalviai ir galbūt kuršiai) šitaip vadino Nemuno tėkmę žemupyje, o Vokiečių ordinas šį pavadinimą tik perėmė.
Piliai ir miestui toks vardas buvo suteiktas, kadangi manyta Marių sąsmauką ties Dangės upe esant Nemuno žiotimis. Kada atsiranda žemaitiškas pavadinimas Klaipėda, nėra aišku. Šaltiniuose jis minimas tik nuo XV a. pradžios: Vytauto laiške 1413 m. rašoma Caloypede, 1420 m. Kryžiuočių ordino derybų su Vytautu santraukoje kalbama apie "castrum Memel alias Klawppeda". Kai kurie kiti XX a. kalbininkai (J. Gerulis, P. Skardžius, A. Salys) buvo linkę manyti, kad miesto pavadinimas yra asmenvardinės kilmės, tačiau tam įrodyti kol kas trūksta faktų. Liaudies etimologija taip pat turi savą miesto vardo versiją – neva pavadinimas kilęs nuo žodžių junginio „klampi pėda“ (iš legendos apie du brolius).
Įtikinamesnė aiškinimo versija pateikta 1898 m. Alberto Zwecko, Štutgarte išleistame veikale „Litauen“. Ten Klaipėdos vardas siejamas su dviem žodžiais: klai- nuo latv. klajš „atviras, tuščias, lygus, plynas“ + pēda „pėda“ arba pads „padas, grįstinė, laitas, grendimas“. Taigi, Klaipėda galėjo reikšti „žema, plyna vieta“. Gali būti, kad vietovardis yra kuršiškos kilmės.
Tek Klaipėda, tiek Memelis — istoriniai, skirtingas tradicijas žymintys pavadinimai. Abu jie seni, siekiantys viduramžius ir reiškiantys tą patį. Žymaus prūsų kartografo K. Henerberge-rio 1584 m. žemėlapis su nurodytu Klaipėdos (Cleupeda) pavadinimu, kaip ir 1868 m. miesto planas su abiem miesto vardais, rodo, kad Klaipėdos pavadinimas ir vokiečiams nebuvo draudžiamas, jis nebuvo eliminuotas iš vartosenos. Beje, ir po 1923 m. Klaipėdos krašto prijungimo prie Lietuvos lietuviškoje krašto spaudoje dar ilgai buvo nurodomi abu miesto vardai.