1252 m. liepos 29 d. Kuršo vyskupo ir Livonijos ordino vietininko sutartimi, su Lietuvos valdovo Mindaugo pritarimu, nutarta pastatyti Klaipėdos pilį. Šalia jos įkurtame uostelyje sustodavo Liubeko, Brėmeno pirklių laivai.
XVI a. viduryje Klaipėdos konkurentai dancigiečiai užvertė akmenimis Danės uostą, todėl į upę iki pat 1820 m. galėjo įplaukti tik nedideli laivai. Išvalytas Danės uostas gyvavo iki XX a. Vidurio.
1743 m. Klaipėdoje įsikūrė pirmoji medienos prekybos kontora. Klaipėdos uostas buvo žymiausias medienos prekybos uostas visoje Baltijoje.
1797 m. dokumentuose pažymėta, kad Klaipėdos uostas sudarytas iš upės uosto Danėje ir Kuršių marių sąsiauryje esančio didelio baseino, kur kraunama mediena ir gali stovėti daugiau kaip 300 laivų.
1919 m. Vokietijai pralaimėjus I Pasaulinį karą, pagal Versalio sutartį Klaipėdos uostas perduotas Antantės šalių aljansui. Vienos iš jų – Prancūzijos premjeras pareiškė, kad „Klaipėdos kraštas visada buvo lietuviškas“.
1923 m. birželio 27 d. Klaipėdoje surengtas mitingas išgirdus žinią, kad uostas bus perduotas Klaipėdai.
1924 m. gegužės 8 d. Paryžiuje pasirašyta Klaipėdos konvencija pagal kurią Klaipėdos uosto valdymą perėmė Uosto direktorija, sudaryta iš Lietuvos valstybės, Klaipėdos krašto ir Tautų Sąjungos atstovų.
1924-1939 m. Klaipėdos uosto suklestėjimo laikotarpis – pastatytos naujos krantinės, uoste kūrėsi įvairios bendrovės, atsirado Lietuvos laivininkystė. Lietuvos valstybė į Klaipėdos uosto vystymą investavo 42 mln. litų.
1963 m. įvyko pirmoji atkurta Jūros šventė, šiandien tampanti svarbiausiu Klaipėdos miesto masiniu, jūriniu renginiu.
1986 m. pastatyta Tarptautinė jūrų perkėla, pradėjo kursuoti tuo metu didžiausi pasaulyje jūrų geležinkelio keltai.
1991 m. birželio 3 d. Lietuvos Respublikos susisiekimo ministro įsakymu įkuriama valstybės įmonė Klaipėdos valstybinio jūrų uosto direkcija, kuriai 1993 m. patikėta valdyti valstybei priklausančią uosto infrastruktūrą.
1993 - 2006 metais Uosto direkcija ir krovos bendrovės į uosto vystymą investavo apie 2 milijardus litų (apie 600 milijonų eurų).
