Aprimus kovoms, uostą, be atvykusiųjų į Klaipėdą žmonių, tvarkė ir vokiečių karo belaisviai bei 16-osios lietuviškosios divizijos darbo batalionas. 1945 m. spalio 20 d. į Klaipėdą įplaukė pirmasis pokario laikotarpiu laivas "Asturija", atgabenęs akmens anglies krovinį. 1946 m. Leningrado jūrų projektavimo institutas parengė uosto atstatymo planą (tam buvo numatyta skirti 86,2 mln. rublių).
Pirmaisiais pokario metais per Klaipėdos uostą daugiausia transportuota įvairios trofėjinės įrangos iš Vokietijos. Iki 1954 metų krovinių daugiau buvo įvežama, negu išvežama, tačiau šeštojo dešimtmečio viduryje šis rodiklis ėmė keistis eksporto naudai. Klaipėdoje nuolat daugėjo ir užsienio valstybių laivų - jeigu 1951 metais jų įplaukė vos 7, tai 1964 m. - jau 860. Eksportuojant labai didelius akmens anglies kiekius 1962-1965 m. Klaipėdos uoste pastatytas pirmasis Tarybų Sąjungoje anglies rūšiavimo ir perkrovimo kompleksas, kuriame visi krovos procesai buvo mechanizuoti ir automatizuoti. 1960-1980 m. daugiau kaip 5 kartus padidėjo išvežamų metalų kiekis. Tokiam krovinių srautui aptarnauti reikėjo kur kas daugiau pakrovimo-iškrovimo įrangos - uoste dirbančių portalinių kranų skaičius išaugo nuo 15 1950 m. iki 53 1983 m.
Šeštajame dešimtmetyje Maskvai nutarus transportuoti per Klaipėdą į Vakarus transportuoti naftos produktus, 1956-1959 m. uoste pastatyta naftos eksporto ir perpylimo bazė. 1959 m. lapkritį iš Klaipėdos išplaukė pirmasis tanklaivis su mazutu. Naftos produktų perpylimo apimtys ypač padidėjo (buvo eksportuojama į Vakarų Europos, Skandinavijos šalis bei Kubą).
1986 m. pradėjo veikti Klaipėdos-Mukrano tarptautinė jūrų perkėla. Tokia pati perkėla įrengta ir buvusios VDR teritorijoje, Riūgeno saloje. Abiejuose uostuose pastatyta vienoda kranto įranga, kuria daugiau kaip 100 geležinkelio vagonų sąstatas gali labai greitai patekti į laivą.
1969 m. įsteigta Lietuvos jūrų laivininkystė 1982 m. eksploatavo jau 40 laivų, gabenusių krovinius į tolimiausius pasaulio kampelius.
