1865 metais pastatytas pastatas priklausė Klaipėdos Irvingerių-Apaštalų Bažnyčiai. 1945 metais jį perdavus Romos katalikams, bažnyčiai suteiktas Kristaus Karaliaus titulas. Iki 1988 m. ji buvo vienintelė katalikų bažnyčia Klaipėdoje. 1997 m. rekonstruota pagal architekto Sauliaus Prikockio projektą pristatant apsidę. 2001 m. atliktas pastato kapitalinis remontas pagal architekto Sauliaus Manomaičio projektą.
2001 m. bažnyčia papuošta dailininkų Dalios Skardžiūtės, Carlo Bertagnin OFM ir Pauliaus Vaineikio OFM nutapytomis Kristaus Karaliaus ir Kristaus kančios kelio ikonomis.