Bendruomenės atsiradimas susijęs su vieno paprasto žmogaus dvasiniais išgyvenimais ir ieškojimais. Tas žmogus Eduardas Grimas. Jis gimė Klaipėdoje, čia baigė mokyklą, išmoko dailidės amato ir 1830 metais uždarbiaudamas iškeliavo į kitus kraštus ir pasiekė Šveicariją. Grimas ten lankė pamaldas, atsigręžė į Dievą. Laisvu nuo darbo metu jis pats Ciuricho apylinkėse skelbė išganymą per Kristų.
Po trejų metų Grimas apsilankė savo gimtajame mieste. Grįžti į Ciurichą sutrukdė politinė padėtis Šveicarijoje. Grimas susirado darbą lentpjūvėje Klaipėdos priemiestyje Smeltėje. Buvę draugai ir pažįstami pastebėjo jo elgesio permainą. 1839 metais jis ėmė kviesti pažįstamus ir kalbėti jiems apie išganymą. Po trumpo laiko vienuolika žmonių galėjo paliudyti savo atsivertimą į Dievą. Grimas juos pakrikštijo jam žinomu būdu – apipilant vandeniu.
Pamaldų lankytojų skaičius augo, o Grimas ir jo draugai buvo iškviesti į miesto tarybą, kur buvo susirinkę ir bažnyčių kunigai. Buvo įsakyta nutraukti tokią veiklą ir sugrįžti į savo bažnyčias, tačiau niekas nesusvyravo. Tada Grimas buvo atleistas iš darbo ir išvarytas iš buto.
Tarp pamaldų lankytojų buvo vienas anglas, buvęs laivo kapitonas, pavarde Heigas. Jis papasakojo Grimui, kad krikštas apipilant vandeniu neturi pagrindo Biblijoje ir kad Anglijoje yra tikinčiųjų, kuriuos vadina baptistais. Grimas nustebo, bet pradėjo ieškoti atsakymo Biblijoje ir suprato, kad ten nurodoma krikšto forma yra panardinimas vandenyje. Dauguma jo tikėjimo draugų irgi tuo įsitikino ir jam pritarė. Jie pradėjo ieškoti, kas galėtų juos taip pakrikštyti. Čia vėl padėjo Heigas, pasakęs, kad Vokietijoje, Hamburge yra tokių tikinčiųjų.
1841 metų spalio 2 dieną į Klaipėdą atvyko Johanas Gerhardas Onkenas, įžymus Evangelijos skelbėjas ir bendruomenių kūrėjas. Tos pačios dienos vėlų vakarą Onkenas pakrikštijo Danės upėje 16 įtikėjusių moterų, o spalio 3 dienos vakare Kuršių mariose 9 vyrus. Vieno iš jų namuose J.G. Onkenas kalbėjo susirinkusiems apie Kristaus bažnyčią ir jos užduotį. Šį vėlų 1841 metų spalio 3 dienos vakarą buvo įkurta Klaipėdos baptistų bendruomenė su 25 nariais. Čia pat Eduardas Grimas buvo išrinktas ir ordinuotas jos vadovu.
Nors bendruomenė buvo persekiojama, o Grimas net pateko į kalėjimą ir vėliau dėl pavojaus gyvybei turėjo bėgti į Angliją, narių skaičius augo. Reikėjo erdvesnių patalpų pamaldoms. 1851 metais, nugalėjus kai kuriuos sunkumus, buvo pastatyti erdvūs maldos namai Naujojo Parko (dabar Vytauto) gatvėje. Tuomet bendruomenėje buvo 234 nariai.
Darbas tarp lietuvių pagyvėjo 1854 metais, kai Dievo Žodį lietuvių kalba pradėjo skelbti Karlas Albrechtas. Be to, tais metais po miestą sunaikinusio gaisro daug kas pakeitė savo nuomonę apie baptistus. Buvo sudegę visi didesnieji pastatai, bažnyčios ir mokyklos. Baptistų maldos namai išliko ir atvėrė savo duris miestiečių reikmėms: darbo dienomis čia buvo mokykla, o sekmadieniais vyko evangelikų liuteronų pamaldos lietuviams ir anglikonų pamaldos.
Klaipėdos mieste gyvenusių bendruomenės narių dauguma buvo vokiečių tautybės ir pamaldos daugiausia vykdavo vokiečių kalba. Lietuviškai vykdavo rečiau, bet reguliariai. Visame mieste bendruomenė turėjo sekmadienio mokyklų tinklą vaikams.
Tarpukario laikais nepriklausomoje Lietuvoje Klaipėdos bendruomenė padėjo skelbti Evangeliją tarp lietuvių remdama lietuviškos dvasinės literatūros leidybą, priimdama bendruomenių suvažiavimus. Čia 1933 metais buvo įsteigta ir Lietuvos evangelikų baptistų bendruomenių sąjunga, nors pati Klaipėdos bendruomenė priklausė Karaliaučiaus krašto baptistų sąjungai.
Antrojo pasaulinio karo pabaigoje, 1944 metais, frontui artėjant prie miesto, bendruomenės veikla nutrūko. Vokiečių tautybės nariai kartu su daugybe karo pabėgėlių pasitraukė į vakarus.
T arybų valdžia nacionalizavo maldos namų pastatą, kurį laiką jame buvo jūrininkų klubas, po to stovėjo visai apleistas, užkaltais langais ir kiauru stogu, pagaliau jame įsikūrė Mokytojų namai.
Ištuštėjusiame mieste likęs nedidelis lietuvių tikinčiųjų būrelis kartu su atvykusiais vėliau į miestą rusų broliais ir seserimis rinkdavosi pamaldoms butuose, o vėliau daugiau kaip 30 metų pamaldos vykdavo mažame, sename žvejo namelyje miesto pakraštyje, Jurbarko gatvėje 43. Bendruomenė labai ilgai negalėjo gauti registracijos, nes neturėjo tinkamų patalpų, o įsigyti jas trukdė tai, jog nėra registruota. Registracija buvo gauta tik 1977 m.
Tačiau papūtė nauji vėjai, ir Lietuva atstatė savo nepriklausomybę. 1991 metų vasarą maldos namai buvo grąžinti Klaipėdos evangelikų baptistų bendruomenei. Atlikus būtiniausią pertvarkymą ir remontą, 1991 m. spalio 5 d. per pirmąsias pamaldas bažnyčia buvo iš naujo pašventinta, kartu švenčiant ir bendruomenės 150 metų sukaktį. Šiuo metu atskiros pamaldos bažnyčioje vyksta lietuvių ir rusų kalbomis. Daugiau: www.kebb.lt