Pirmoji medinė katalikų bažnyčia Klaipėdoje po reformacijos įvedimo 1525 metais pastatyta 1784 m. Pagal architekto Mejerio (Meyer) projektą 1865 m. Puodžių gatvėje pastatyta nauja mūrinė Šv. Trejybės bažnyčia. Ji stovėjo gatvės gale, kur dabar yra daugiaaukštis. Smailus bokštas buvo apie 52 metrus aukščio. Šalia bažnyčios veikė ir katalikiška mokykla.
Bažnyčia buvo sugriauta 1945 m. pradžioje, vaduojant miestą nuo vokiečių kariuomenės.