Po Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo 1990 m. Klaipėdos uostas iš įvairių sąjunginių ministerijų žinios visiškon Lietuvos jurisdikcijon perėjo 1991 m., 1992 metais jam suteiktas valstybinio jūrų uosto statusas.
Lietuva - geografinis Europos centras, krovinių srautų kryžkelė. Šiuo metu apie 60 proc. krovinių, gabenamų per Klaipėdos jūrų uostą, kuris yra pagrindinis IX tarptautinio transporto koridoriaus IXB šakos multimodalinio transporto mazgas, jungiantis jūros ir sausumos kelius Vakarų-Rytų kryptimi, yra tranzitiniai. Tranzitui patogioje rytinės Baltijos jūros baseino vietoje įsikūręs Klaipėdos uostas - šiauriausiai esantis neužšąlantis rytinės Baltijos uostas.
Klaipėda - stambus šalies transporto mazgas, kuriame susijungia Rytų ir Vakarų jūros, sausumos ir geležinkelio keliai. Reguliarios laivybos linijos jungia Klaipėdos uostą su daugybe pasaulio valstybių. Kasmet į Klaipėdos uostą atplaukia apie 7000 laivų iš 50 pasaulio šalių.
Klaipėdos uostas universalus. Jame dirba devyniolika stambių krovos, laivų statybos ir remonto įmonių, teikiamos visos su jūros verslu ir krovinių aptarnavimu susijusios paslaugos, veikia daugiau kaip 200 privačių jūros verslo kompanijų. Uosto krovos darbų kompanijos per metus gali perkrauti iki 30 mln. tonų įvairių krovinių. Maksimalus gylis prie uosto krantinių - 14 metrų.
Pagrindinės uosto kompanijos yra susijungusios į asociacijas. Tai Lietuvos jūrų krovos kompanijų asociacija, Lietuvos laivybos maklerių ir agentų asociacija, Ekspeditorių asociacija ir Laivų savininkų asociacija.
Klaipėda, kurioje plėtojama šiuolaikinių terminalų veikla, tampa vis svarbesniu keleiviniu uostu. Iš čia į Vokietiją ir Švediją nuolatinėmis laivybinėmis linijomis plaukioja keleiviniai-krovininiai keltai, statomas kruizinių laivų terminalas.
Klaipėdos uosto žemė ir akvatorija - valstybės nuosavybė. Ją valdo ir jos panaudojimą plėtoja valstybės įmonė "Klaipėdos valstybinio jūrų uosto direkcija", kurią 1991 metais įsteigė Lietuvos Respublikos susisiekimo ministerija. Klaipėdos jūrų uostas bendradarbiauja su kaimyniniais Baltijos šalių bei Iljičiovsko, Odesos (Ukraina), Poti (Gruzija), Aktau (Kazachstanas) ir kitais uostais.
Klaipėdos uostas yra daugelio tarptautinių organizacijų: Baltijos uostų organizacijos (BPO), Europos uostų asociacijos (ESPO), Tarptautinės jūrinių uostų asociacijos (IAPH), Europos intermodalinės asociacijos (EIA), Tarptautinės miestų ir uostų asociacijos (IACP) ir kt. narys. Lietuva yra tarptautinės jūrų organizacijos (IMO) narė.
Ilgalaikės Klaipėdos uosto strategijos uždavinys - padaryti uostą patrauklų, saugų plaukioti laivams, patogų krauti ir sandėliuoti krovinius. Kasmet didelės investicijos skiriamos uosto vartų rekonstrukcijai, įplaukos kanalui ir akvatorijai prie krantinių gilinti, šiuolaikinei krovos technikai įsigyti ir geroms sandėliavimo sąlygoms sudaryti. Nuolat modernizuojama uosto infrastruktūra: pastatyti nauji šiuolaikiniai konteinerių, ro-ro, skystų trąšų terminalai, veikia naftos, metalo, birių ir supakuotų trąšų krovos terminalai, naudojama moderni krovos technika ir technologija, gerai išvystytas terminalų, automobilių kelių, geležinkelių tinklas, modernizuojamos telekomunikacijos, signalizacijos ir elektros tiekimo sistemos, įdiegta saugios navigacijos sistema, sukurta palanki uosto rinkliavų sistema, lankstūs privačių krovos kompanijų paslaugų tarifai. Klaipėdos uoste įdiegtos modernios laivų eismo valdymo, žmonių paieškos ir gelbėjimo sistemos, užtikrinta kovos su išsiliejusia nafta tvarka. Uosto teritorija visą parą stebima vaizdo kameromis.
Uosto direkcijos ir uoste veikiančių kompanijų siekis - būti rytinės Baltijos uostų lyderiu, klientams patraukliu ir patogiu uostu.